المشاكل الهضمية
تُظهر الدراسات أنّ الخل يزيد مدّة بقاء الطعام في المعدة عن معدّلها الطبيعي، الأمر الذي يُشكّل تحدياً أمام المرضى المصابين بالسكري؛ نظراً لصعوبة تحديد أوقات تناول الإنسولين فيما يتوافق مع وقت امتصاص الجسم للطعام، بالإضافة إلى أنّ تناول كمياتٍ كبيرةٍ من الخلّ قد يؤدي إلى تفاقم أعراض شلل المعدة (بالإنجليزية: Gastroparesis)؛ والتي تشمل حرقة المعدة، والانتفاخ، والغثيان. كما يجدر الذكر أنّ تأخير إفراغ المعدة من الطعام نتيجة شرب خل التفاح يقلل الشهية والرغبة في تناول الطعام لمدة أطول، وبالتالي فإنّ العديد من الأشخاص يستخدمونه لمساعدتهم على خسارة الوزن، وفي الحقيقة فإنّ بقاء الطعام في المعدة قد يسبب العديد من الأضرار الجانبية، كعسر الهضم ، كما أنّه يزيد سوء حالات الأشخاص المصابين بالارتداد المعدي المريئي.
نقص بوتاسيوم الدم
إذ إنّ هناك العديد من التقارير التي تشير إلى أنّ خل التفاح يزيد خطر الإصابة بنقص بوتاسيوم الدم (بالإنجليزية: Hypokalemia) أو يزيد سوء حالات المصابين به، ويمكن أن يتسبّب نقص بوتاسيوم الدم المعتدل أو الشديد بضعفٍ في العضلات والشلل، الأمر الذي يمكن أن يؤثر في أجزاء كثيرة من الجسم.
الحمل والرضاعة
لا تتوفر المعلومات الكافية حول مدى أمان تناول الخل بكميّاتٍ كبيرةٍ من قبل النساء خلال فترات الحمل والرضاعة، ولذلك من الأفضل الابتعاد عنه، وخاصّةً بكميات كبيرة؛ لضمان سلامة الجنين وأمه.
تآكل مينا الأسنان
كغيره من الأطعمة والمشروبات الحمضية يؤدي خلّ التفاح إلى إلحاق الضرر بمينا الأسنان ، وعلى الرغم من أنّ اللعاب الموجود في الفم يعمل عمادّةٍ عازلة، إلّا أنّ الكميات الكبيرة من الخل قد تؤدي إلى تآكل الأسنان.
حروق الحلق
قد يؤدي شرب كميات كبيرة من الخل إلى الشعور بالحرقة في الحلق، ولذلك فقد صَنَّف الباحثون الخلّ من ضمن المواد الكاوية القويّة، وقد وُجدَ تقريرٌ لحالةٍ واحدة تسبّب فيها قرص خل التفاح بالحروق بعد أن استقر في حلق امرأة، وقالت المرأة إنّها قد عانت من الألم وصعوبة البلع لمدة ستة أشهر بعد الحادث.
